迷你離心機應每周清潔一次，或在樣品溢灑時清潔。
在清理溢灑時，一定要清潔整臺迷你離心機。“溢灑在迷你離心機中的生物樣品可能在運行過程中隨空氣傳播，而化學樣品或試劑可能腐蝕迷你離心機的各個部件——轉筒、橡膠圈，甚至冷凝迷你離心機的溫度探頭，”。
如果在離心過程中聽到不尋常的聲音，那可能意味著需要立即清潔。“當你運行一臺傳統的迷你離心機時，聽到了好像洗衣機里有小石頭的聲音，那么你需要馬上停止并清潔，看看是否有破損的管子或松散的樣品蓋在擺動，”。實驗室應保留每臺迷你離心機的維護記錄，而對于中心實驗室的迷你離心機而言，更應如此。
不注意清潔可能有著嚴重的后果。“主軸和電機的維修正變得越來越昂貴，因為制造商不斷提高價格，希望向你的，”Di Francesco說。制造商也預計迷你離心機用戶會清潔轉子和內部，并遵守使用說明。“因平衡不當而造成的儀器損壞并不在服務合同或質保的范圍內，”
避免犯錯
犯錯是人之常情，但事先考慮也許能防止一些意外。例如，迷你離心機帶有溫度和光學傳感器，這很精密，需要小心操作。迷你離心機廠家建議，我們應保持傳感器導線干凈，但在清潔時不要將其拉出。另外，對于貝克曼的超速迷你離心機，覆蓋輻射計的安全板上有一個窗口。“它不是玻璃或塑料蓋，而更像是一層厚厚的玻璃紙。如果您用手指戳它，則會破損，”他說。另外，別忘了平衡迷你離心機。
如果高速轉子能保持干凈，則能持續使用很長一段時間，但如果不能，它們的惡化速度將超乎你想象。油漆表面通常能保護高速轉子不受腐蝕，但溢灑物“會侵蝕油漆，一旦油漆被破壞，應力腐蝕的過程就開始了。
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